En el Este, hubo historia de guerras con la gente indígena. Debido a esto, algunos estadounidenses blancos nuevos en el área de la Compra de Louisiana pensaron que necesitaban protección de la gente indígena. Solo hubo algunos conflictos menores, pero la gente todavía estaba preocupada.
Entonces, en 1820, la fortaleza Atkinson se convirtió en el puesto militar más occidental de los Estados Unidos. La fortaleza proporcionaba la única autoridad gubernamental en el enorme territorio al oeste del [río] Missouri. Fue construido en el mismo acantilado del río Missouri donde Lewis y Clark celebraron su consejo con los Oto. La fortaleza Atkinson se construyó en forma de rectángulo. Los barracones de un piso estaban hechos de troncos con techos de tejas y chimeneas de ladrillo. El cuartel daba al interior del rectángulo. Tenían ranuras para armas, o "lagunas" en las paredes exteriores.
La fortaleza tenía cañones en dos esquinas opuestas. Había un almacén de pólvora enorme (un edificio utilizado para almacenar armas y municiones) en el centro de la fortaleza. Fuera de la fortaleza había una gran casa del consejo para reunirse con los indígenas, un molino, una escuela, un aserradero y otros edificios. Un horno de ladrillos produjo miles de ladrillos. En un momento, más de 1.000 soldados custodiaban el puesto. La fortaleza Atkinson fue la ciudad más antigua y más grande de lo que se convertiría en el territorio de Nebraska.
La fortaleza fue construido originalmente para evitar que los británicos ingresaran a los valles del alto Missouri y del río Mississippi para competir en el comercio de pieles. También se suponía que el ejército de la fortaleza Atkinson se haría amigo de las tribus indígenas de la zona y gestionaría los desacuerdos entre ellas. Un método que utilizaron fue entretener a los líderes tribales y presentarles valiosos obsequios, pero los indígenas no siempre entendieron las razones de los obsequios. Quizás la contribución más importante de la fortaleza fue el papel que desempeñó en el desarrollo del comercio occidental de pieles. La fortaleza Atkinson era la puerta de entrada a las regiones de pieles del alto Missouri y las Montañas Rocosas.
La única batalla que los soldados de la fortaleza Atkinson libraron con la gente indígena fue el resultado de un ataque indígena a los comerciantes de pieles. En el verano de 1823, el Arikara mató a varios cazadores de pieles blancas. Los cazadores habían remontado el río Missouri y se dirigían a las Montañas Rocosas. Se habían detenido en una aldea de Arikara, en lo que hoy es South Dakota, para comprar algunos caballos. Los indígenas atacaron y 13 cazadores murieron. Los cazadores supervivientes huyeron a la fortaleza Atkinson en busca de ayuda. El coronel Henry Leavenworth, comandante de la fortaleza en ese momento, llevó a 200 soldados a la aldea de Arikara. Las tropas bombardearon el pueblo con un cañón durante varias horas. Sin embargo, no hubo mucho daño y los indígenas sufrieron pocas bajas. Después de que el coronel Leavenworth decidió que los Arikara habían sufrido lo suficiente, trató de obtener una promesa de ellos de que no atacarían en el futuro. Después de que se convocó una tregua para discutir el tema, la mayoría de los indígenas se escapó de la aldea. Otras tribus como Pawnee vieron las acciones de Leavenworth como tímidas o cobardes.
La fortaleza Atkinson nunca fue atacado. Fue abandonado en 1827.
Más tarde, a medida que más exploradores, comerciantes, cazadores, misioneros, viajeros por senderos terrestres y colonizadores se mudaron aquí, el gobierno construyó más fortalezas en Nebraska.
