Hay conflictos inherentes en las historias de los misioneros y las tribus a las que intentaban convertirse. Por un lado, los misioneros en general tenían buenas intenciones y reflejaban las filosofías de los líderes del país. Por otro lado, la gente indígena generalmente no sentían que necesitaran ser salvados. Las experiencias de Dunbar y Allis son un buen ejemplo de este conflicto.
Uno de los padres del país, Thomas Jefferson, escribió extensamente sobre los problemas involucrados en "civilizar" a los indígenas. En su carta confidencial al Congreso en 1803, argumentó que las tribus ya habían comenzado a vender o ceder sus tierras a los estadounidenses y que el proceso continuaría. Dijo que los Estados Unidos necesitaría cada vez más tierras, "una extensión de territorio que requerirá el rápido aumento de nuestro número". La única solución que vio Jefferson fue alentar a los indígenas a detener sus patrones tradicionales de caza anual en vastos territorios y comenzar a cultivar, lo que requeriría menos tierra.
"Primero, para alentarlos a que abandonen la caza, a que se apliquen a la cría de ganado, a la agricultura y la manufactura doméstica, y así demostrarse a sí mismos que menos tierra y trabajo los mantendrá en esto, mejor que en su antiguo modo de vida. Los bosques necesarios para la vida de caza se volverán entonces inútiles, y verán una ventaja en cambiarlos por los medios para mejorar sus granjas y aumentar sus comodidades domésticas ... [E]n llevándolos así a la agricultura, a las manufacturas y a la civilización, al unir sus y nuestros asentamientos, y al prepararlos en última instancia para participar en los beneficios de nuestro gobierno, confío y creo que estamos actuando por su mayor bien ".
Una serie de tratados entre las tribus y el gobierno de los Estados Unidos cedieron derechos sobre la tierra en el nuevo territorio a cambio de pagos anuales en forma de dinero y bienes. El gobierno también había prometido enviar maestros, agricultores y herreros para ayudar a las tribus. Estos europeos iban a ser empleados de la Oficina de Asuntos Indígenas y debían enseñar a los indígenas las costumbres de los blancos. Las sociedades misioneras apoyaron el plan ya que acordaron con los funcionarios del gobierno que la única forma en que los indígenas tenían la oportunidad de sobrevivir era adoptar las costumbres blancas y finalmente asimilarse a la sociedad blanca.
Muchas tribus como los Pawnee agradecieron la ayuda de los blancos porque podían brindarles un servicio muy valioso, pero no tenían la intención de cambiar sus costumbres o su estilo de vida. La comunidad blanca nunca pareció comprender la tenacidad con la que los Pawnee se aferraban a su propia cultura. Los Pawnee habían cultivado cosechas durante años, pero sus cacerías anuales de búfalos seguían siendo necesarias para su supervivencia. Si bien el tratado decía claramente que las cacerías tenían que cesar, los misioneros pudieron convencer al gobierno de que hiciera cumplir esos términos de manera flexible.
La Oficina de Asuntos Indígenas confió en las sociedades misioneras para proporcionar empleados de la oficina indígena que estarían más preocupados por la "mejora" de los indígenas y menos preocupados por un gran salario. Por lo tanto, los empleados de la Oficina de Asuntos Indígenas provenían típicamente de personas con el deseo de cristianizar a los indígenas y probablemente se veían a sí mismos primero como misioneros y segundo como empleados del gobierno.
Durante la década de 1830 empezaron a surgir graves cambios en el mundo de los Pawnee que se sumaron a las dificultades que enfrentaron los misioneros Dunbar y Allis. La viruela diezmó a la tribu. Las tribus orientales se estaban trasladando a la actual Kansas, invadiendo los terrenos de caza tradicionales de los Pawnee y poniendo presión sobre las alguna vez abundantes manadas de búfalos. Mientras la base de poder de los Pawnee se reducía, sus viejos enemigos, los Lakota, estaban ganando fuerza y estaban atacando.
También se estaba volviendo cada vez más difícil para Dunbar y Allis continuar viajando con los Pawnee en sus cacerías porque tenían familias en crecimiento. Ambos hombres encontraron necesario involucrarse cada vez más en actividades agrícolas para mantener a sus familias y la misión. Una depresión económica general estaba arrasando el Este y sin duda afectó a la Junta Misionera Estadounidense que estaba proporcionando menos ayuda financiera a sus misiones. Tanto Dunbar como Allis consideraron el empleo externo a tiempo parcial para complementar sus ingresos. La Junta Estadounidense expresó su preocupación acerca de que sus misioneros se involucren demasiado en los esfuerzos seculares y su apoyo a la Misión Pawnee estaba disminuyendo.
En mayo de 1837, los aliados expresaron sus preocupaciones cuando escribió:
"Hay tantas dificultades y obstáculos en la actualidad, entre [los] indios, la perspectiva de introducir el cristianismo entre ellos en la actualidad es bastante desalentadora ... es una idea engañosa que muchos cristianos tienen en este momento, pensando que las naciones de los indios van a nacer para Dios en un día ... Creo que primero pasarán muchos años ".
Pero Dunbar y Allis persistieron en sus esfuerzos por convencer a los Pawnee de que se establecieran permanentemente para que los misioneros pudieran construir una estación misionera en una de las aldeas Pawnee. Finalmente, en la primavera de 1841, Dunbar y Allis empacaron sus escasas pertenencias y trasladaron a sus familias del puesto de Bellevue a Plum Creek, un pequeño afluente del río Loup en el corazón de la región de los Pawnee. Construyeron cabañas de troncos, plantaron cultivos y cuidaron el ganado. La Oficina de Asuntos Indígenas finalmente envió a algunos agricultores, maestros, herreros y huelguistas a la estación misionera para ayudar a los indígenas a volverse más "civilizados". En su apogeo, la misión incluyó al menos a 30 hombres, mujeres y niños blancos.
Desafortunadamente, la comunidad de Plum Creek se dividió por una variedad de problemas y frustraciones. Una de las cuestiones más conflictivas fue la de los métodos que se adoptarían para tratar con los Pawnee. Un objetivo de la misión era enseñar a los indígenas los modales y costumbres que entonces practicaban los blancos cristianos. Dunbar y Allis estaban unidos en su creencia de que los Pawnee no podían ser intimidados para que se convirtieran en agricultores y que su conversión al cristianismo requeriría muchos años. Los miembros más nuevos de la comunidad - las familias Gaston, Platt y Mathers - estaban menos dispuestos a esperar y estaban dispuestos a usar métodos enérgicos para "acelerar" a los indígenas hacia el cristianismo.
El constante conflicto entre las facciones cristianas sobre cómo llevar el cristianismo a los indígenas y los crecientes ataques de los Lakota hicieron que los blancos abandonaran la misión de Plum Creek y regresaran a Bellevue. Samuel Allis permaneció en Bellevue y fue contratado para enseñar a los niños Pawnee en una escuela financiada por el gobierno.
El resultado final fue que, si bien algunos de los Pawnee habían expresado un cortés interés en el cristianismo, no había el menor indicio de que alguien se fuera a convertir. Fueron igualmente firmes en mantener sus formas tradicionales. Había poca evidencia de que los Pawnee fueran a convertirse en agricultores. Pasaría más de una década antes de que los blancos volvieran a vivir permanentemente entre los Pawnee. Para entonces, la tribu estaba tan debilitada que tuvo que aceptar la vida en una reserva, donde muchas de las costumbres tradicionales que tanto habían frustrado a Dunbar, Allis y otros habían comenzado a desaparecer.
