Había muchas tribus de la gente indígena que vivían en las Grandes Llanuras, compitiendo por los escasos recursos. Por supuesto, las diversas tribus entraron en conflicto entre sí.
Los Lakota (o Sioux) son en realidad un grupo amplio de personas que incluye las siete bandas de los Lakota occidentales (o Teton), los Dakota (Yankton y Yanktoni) y los Nakota (Santee). Este grupo de tribus vivió en las Llanuras solo durante una parte de su historia conocida. Los Lakota originalmente vivían en los bosques del norte. Lucharon con los Anishnabe (a quienes los Lakota llamaban Chippewa). Los Anishnabe iban armados con armas que tenían por comerciar con cazadores.
Los Lakota migraron lentamente hacia el sur y el oeste y dejaron a un lado a la tribu Omaha en esta migración temprana. Al principio, no tenían caballos, pero los caballos se estaban extendiendo por las Llanuras desde los asentamientos españoles en el suroeste. En 1742, los Teton habían adquirido caballos y se parecían cada vez más a nómadas a caballo. En las Llanuras Centrales, los Lakota entraron en conflicto con los Pawnee, una tribu de la aldea que poseía las ricas tierras de caza del valle del río Republican hasta que los Lakota entraron en la región. Los grupos de guerra Pawnee solían hacer sus viajes a pie, a diferencia de otras tribus. Como los Lakota iban montados a caballo, tenían una ventaja.
Las partidas de guerra de los Omaha variaban de ocho a cien guerreros. Todos los miembros del partido eran voluntarios. El líder solía ser un guerrero conocido que había demostrado su habilidad en la batalla. Se dice que los guerreros llevaban una capa blanca de piel suave y vestida para sus cabezas. No se usaba camisa, pero se abrochaba una bata alrededor de la cintura y se ataba sobre el pecho. No se pueden usar plumas ni adornos en este momento. En la batalla real, los guerreros solo usaban mocasines y taparrabos.
A veces, las esposas de algunos de los hombres acompañaban a una gran partida de guerra para ayudar a cuidar su ropa y cocinar. Una manada de guerra sagrada, guardada en la Tienda de Guerra, era importante en cualquier actividad de guerra. Se creía que el contenido del paquete protegía a la tribu de cualquier daño. Un grupo de guerra que regresaba con el cuero cabelludo de un enemigo celebró una danza especial del cuero cabelludo o de la victoria. A los hombres que ganaron honores especiales en el camino de la guerra se les permitió usar una pluma de águila en sus cabelleras. Algunos guerreros también pueden llevar un tocado de cola de ciervo. Solo los hombres importantes usaban el gran tocado de plumas que se ve en las películas y solo en ocasiones sociales. Solo los hombres usaban plumas en el pelo, pero las mujeres podían usarlas en la ropa.
En los años posteriores a la Ley de Asentamientos Rurales, los europeos se trasladaron en números cada vez mayores al territorio de la gente indígena. En las décadas de 1860 y 70, el ejército de los Estados Unidos estaba en guerra con las tribus Sioux, Cheyenne y Arapaho. La tribu Pawnee había luchado contra estas otras tribus durante años, por lo que el ejército recurrió a los Pawnee en busca de ayuda contra un enemigo común.
Los Lakota (Sioux) tenían muchos más problemas con los primeros emigrantes que otras tribus. Su experiencia determinó la historia de las granjas. Los problemas con los blancos comenzaron con la fiebre del oro de California. En 1850, aproximadamente 50.000 buscadores de oro recorrieron el Camino de Overland a través del corazón del país Lakota. A los Lakota no les gustaba que estos recién llegados cruzaran sus tierras compitiendo por los recursos. El gobierno intentó involucrarse por medios pacíficos.
En 1851, los funcionarios del gobierno se reunieron con miembros tribales Cheyenne, Crow, Blackfeet, Arapaho, Assiniboine, Dakota, Lakota y Nakota en Fort Laramie, en Wyoming, al oeste de lo que se convertiría en Nebraska. Aproximadamente 10.000 gente indígena acamparon y hablaron con representantes estadounidenses. Las tribus y el gobierno negociaron un tratado que tenía varios puntos principales:
El Tratado del Fuerte Laramie allanó el camino para que los Estados Unidos permitiera a las tribus el derecho a gobernarse a sí mismas. También comenzó varias décadas de negociaciones de tratados y acuerdos que finalmente transfirieron casi todas las tierras tribales a los EE. UU.
Desafortunadamente, la paz no duró. En 1854, ocho años antes de la Ley de Asentamientos Rurales, algunos Lakota cerca del Fuerte Laramie mataron a una vaca de emigrante que creían que estaba abandonada. El teniente John Grattan y 29 soldados fueron enviados a investigar. Grattan abrió fuego contra el campamento indígena. Los Lakota contraatacaron, matando a todos los soldados.
Al año siguiente, se ordenó al general William Harney que restableciera la paz en el camino. Encontró un campamento de Lakota en Blue Water Creek en el condado de Garden y lo atacó, aunque los residentes del campamento no tenían nada que ver con la masacre de Grattan. Las tropas de Harney mataron a 136 hombres, mujeres y niños. Aunque se restauró la paz, la presión continuó aumentando y la guerra estalló nuevamente en 1863 con ataques a los viajeros del Camino de Overland. En 1867, los Lakota empujó hacia el este y atacó un tren de ferrocarril Union Pacific en el condado de Dawson, Nebraska. Los intentos de asentamientos pacíficos resultaron en pagos de alimentos, armas y otros bienes a los Lakota.
En los años posteriores a la Ley de Asentamientos Rurales de 1862, más europeos se trasladaron al territorio de la gente indígena. La Ley de Asentamientos Rurales otorgó tierras gratis a los colonizadores que vivían en la tierra durante cinco años. En las décadas de 1860 y 70, el ejército de los Estados Unidos estaba en guerra con las tribus Sioux, Cheyenne y Arapaho. La tribu Pawnee había luchado contra estas otras tribus durante años, por lo que el ejército recurrió a los Pawnee en busca de ayuda contra un enemigo común.
Los Pawnee se convirtieron en exploradores. Tuvieron mucho éxito en ayudar a proteger el ferrocarril mientras se construía a través de Nebraska, y acompañaban a varias expediciones estadounidenses del ejército contra los guerreros Sioux, Cheyenne y Arapaho. Pero, a finales de la década de 1870, los scouts Pawnee se disolvían. El gobierno de los Estados Unidos había trasladado a la mayoría de los miembros de la tribu Pawnee de Nebraska al territorio indígena al sur de Nebraska.
Hubo más conflictos durante el período inicial de la granja con una banda de Cheyenne en el valle del río Republican en el centro sur de Nebraska. Una vez más, se envió una expedición militar en 1869 para someter a los Cheyenne. La campaña mató a 50 guerreros.
Para los inmigrantes, la amenaza que sentían de la gente indígena probablemente fue mayor que la historia real. Hubo conflicto: robos, peleas y asesinatos en ambos lados. Pero también hubo cientos de negociaciones de tratados en todo el continente. Estos tratados redujeron el conflicto y, lo que es más importante, transfirieron a los EE. UU. el título legal de la tierra que los pueblos tribales indígenas habían vivido y cazado durante siglos.