Los funcionarios de la ciudad y el estado comenzaron a pedir que las tropas federales vinieran a Omaha mientras los disturbios aún se estaban desarrollando, ya a las 6:20 p.m. en la noche del 28 de septiembre, más de cuatro horas antes de que mataran a Brown. Pero, debido a que las solicitudes se dirigieron a los dos puestos del ejército local, Fort Crook y Fort Omaha, y al Departamento de Guerra en Washington, las señales eran confusas. La intervención del ejército avanzó lentamente en todos los niveles.
El teniente coronel Jacob Wuest, comandante de Fort Omaha, estaba al tanto de la multitud amenazadora desde las 5:30 p.m., pero no estaba dispuesto a dañar su carrera interviniendo en un desorden civil sin una orden explícita. Tampoco estaba seguro de si era legal o no utilizar tropas en un desorden civil.
Por lo tanto, las autoridades locales necesitaban obtener una solicitud específica de ayuda de los funcionarios civiles y un comando de más alto nivel. Los funcionarios de Omaha intentaron ponerse en contacto con el gobernador, Samuel R. McKelvie, pero estaba en North Platte y era inalcanzable. El presidente Wilson había sufrido un derrame cerebral y no estaba disponible. Finalmente, llegaron al vicegobernador P. A. Burrows. Burrows hizo la solicitud de tropas y el secretario de Guerra Newton D. Baker respondió. Ordenó a Wuest que interviniera.
Para cuando Wuest y las tropas de Fort Omaha respondieron, la policía de la ciudad estaba indefensa. Eran las 9:30 p.m. cuando las tropas empezaron a moverse, y Will Brown estaba a punto de ser linchado antes de llegar al juzgado.
Cuando finalmente llegaron, las tropas estaban estacionadas cerca del palacio de justicia. Pero la turba ya se había ido, arrastrando el cuerpo de Brown detrás de ellos. Otra compañía de tropas fue enviada a las calles 24 y Lake, en el corazón de la comunidad negra. Estaban allí para evitar más asesinatos de ciudadanos negros. Se emitieron órdenes de que cualquier ciudadano con un arma se enfrentara a un arresto inmediato. A todos los negros se les ordenó permanecer en el interior. Al anochecer del día siguiente, 29 de septiembre, el ejército pudo informar que Omaha estaba tranquilo.
Mientras tanto, el mayor general Leonard Wood, comandante de Wuest, regresó a Omaha el 30 de septiembre y asumió el mando general. Las tropas se concentraron en las calles 24 y Lake, en el juzgado y en las calles 24 y O en Omaha del sur, de donde habían venido muchos de los alborotadores. El general Wood le quitó el mando a los funcionarios civiles para reconstruir las agencias de aplicación de la ley de Omaha y evitar más violencia. También inició una investigación sobre el motín. El ejército comenzó a arrestar a los cabecillas de la turba sobre la base de fotografías confiscadas al público. El general Wood entrevistó personalmente a varios presuntos participantes de la turba.
Aunque las fotografías identificaron a los miembros de la turba, todos los sospechosos finalmente fueron liberados.
Después del motín, algunos se preguntaron si una acción más agresiva del coronel Wuest podría haber evitado que la turba asesinara a Brown, intentara asesinar al alcalde Smith y destruyera el palacio de justicia. El ejército logró evitar un mayor derramamiento de sangre y destrucción en Omaha, pero una intervención más oportuna podría haber evitado la violencia por completo. La ciudad se centró en averiguar quién tenía la culpa.
